Výrobu whisky prý do Skotska přinesli irští (konkrétně dalriadští) mniši při své misijní činnosti v 5. století. Dlouhou dobu byl alkohol destilován především v klášterech, a to jako léčebný prostředek. První písemný záznam o výrobě whisky ve Skotsku pochází z r. 1494: „Eight bolls of malt to Friar John Cor wherewith to make aqua vitae“ (osm ???  sladu pro mnicha Johna Cora na výrobu aqua vitae. Přestože se tento údaj opakuje v téměř každé publikaci o historii výroby whisky, údaje, o jaké množství sladu se jedná, se značně liší. Podle různých zdrojů šlo v přepočtu o 1,2 – 6,2 t sladu, případně se lze dočíst, že toto množství stačilo na výrobu 400 – 1500 současných lahví.) Aqua vitae (lat. živá voda) byl široce rozšířený středověký název pro destilovaný alkohol. Gaelský ekvivalent tohoto termínu je usquebaugh nebo uisge beatha a z toho se foneticky vyvinulo usky a později whisky.

Přestože se při pálení whisky používají stejné suroviny a při první fázi výroby i podobné postupy jako při výrobě piva, díky původnímu léčebnému využití spadala výroba whisky ve středověku pod cech lazebníků a ranhojičů. V této době se whisky konzumovala mladá, krátce po destilaci. Pozitivní účinek zrání na chuť whisky byl objeven teprve v 18. století.

Velká popularita a spotřeba tohoto nápoje upoutala v 17. a 18. století pozornost vládních úředníků a ekonomů, kteří se rozhodli výrobu whisky zdanit. Avšak místo přírustku peněz do státní pokladny nebývale vzrostl počet nelegálních palíren. Kolem roku 1780 existovalo ve Skotsku vedle osmi legálních palíren několik set nelegálních. V r. 1823 zmírnil daňový zákon (angl. Excise Act) daňové požadavky na palírny, což spolu s vyššími postihy za nelegální pálení vedlo k rozsáhlým legalizacím. (Proto rozdílná data založení v informacích o palírnách z různých zdrojů nemusí nutně znamenat chybu – jedno datum se může vztahovat  k založení „černé“ palírny a druhé k její oficiální legalizaci.)

Do této doby byla veškerá whisky vyráběna metodou kotlíkové destilace, jaká se dodnes používá u sladové whisky. V r. 1831 ale Aeneas Coffey vynalezl kotel umožňující kontinuální destilaci, který se začal používat k velkovýrobě obilné whisky.

Když byla v 80. letech 19. století velká část francouzských vinic napadena a zničena révokazem (Phyloxera vitifolia), tato katastrofa pro vinaře a výrobce brandy znamenala rozšíření tržního prostoru pro whisky – zejména míchanou, která pomalu začala kralovat světovému trhu s lihovinami, Sladová whisky byla v té době k dostání pouze na lokálním trhu ve Skotsku.

Teprve v 60. letech 20. století začala palírna Glenfiddich stáčet a do zahraničí vyvážet svoji sladovou whisky. Jejího příkladu brzy následovaly i další palírny. V současnosti se sladová whisky stává čím dál populárnější, přesto je pouhých 5% produkce palíren stáčeno jako single malt, zbytek se používá do míchaných whisky.